Si por casualidad borraron archivos de manera manual de una carpeta que tienen con svn. Este programa los va a marcar como faltantes. Para eliminar todos los archivos faltantes se debe correr el siguiente comando en su terminal:
svn rm $( svn status | sed -e '/^!/!d' -e 's/^!//' )
Luego se corre un commit (svn ci -m "un mesaje") y se borrarán esos archivos de su repositorio

svn rm $( svn status | sed -e '/^!/!d' -e 's/^!//' )
Luego se corre un commit (svn ci -m "un mesaje") y se borrarán esos archivos de su repositorio